当承包人非法转包工程被依法认定为无效后，承包人与发包人之间就不可避免的会产生工程款就算纠纷。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条、第三条的相关规定，工程款如何结算取决于工程是否竣工验收合格。建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。

　　建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持;修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

　　（三）工程转包人与被转包人之间纠纷的处理
　　转包人与被转包人之间签订的施工合同依法被认定为无效后，转包人与被转包人不可避免的会产生一定的经济损失。对于经济损失，应根据双方当事人(即转包人与被转包人)的过错程度和责任大小，确定他们应当承担的赔偿数额。因无效合同造成的损失范围，一般包括误工费、停工费、保管费、机械设施闲置费、租赁费、临时设施建造费等直接与该工程有关而独立发生的费用等。